Mesane kanserinde patolojik evreleme için klinik evrelemede kullanılan yöntemler kullanılmaz. Patolojik evreleme, ameliyat sırasında mesaneden çıkarılan ve patoloji labratuvarına gönderilen dokuların incelemesine göre yapılır. Patolojik evreleme klinik evrelemeden daha önemlidir. Patolojik evrelemeye göre mesane alınmasına ya da başka bir ek tedaviye karar verilebilir.